目前掩膜版清洗常用的方法是使用氢氧化钾溶液进行冲洗，然后再在掩膜版光学检测设备中进行检查，检查结果不合适后再次投入氢氧化钾溶液进行二次清洗，而过检查结果依旧不合格，再次重复清洗，直至检查结果合格。

氢氧化钾溶液对于一般的有机物清洗的效果较好，但是对于其他有机物清洗效果一般，比如油污类的脏污，如果出现油污类的脏污需要进行反复多次清洗，这样对于掩膜版也有造成一定得损伤。

针对有机物的脏污，可以使用四甲基氢氧化铵溶液进行清洗，但成本较高，所以在掩膜版一般储存在洁净室内，使用过程中也应轻拿轻放。